1. 直接法
直接法是熒光抗體技術(shù)蕞簡(jiǎn)單、最基本的方法。它通過標(biāo)記抗體直接與相應(yīng)抗原（待檢抗原標(biāo)本）結(jié)合，來鑒定未知抗原。
其優(yōu)點(diǎn)為：
①由于在反應(yīng)中只有兩種因子參與，結(jié)果判斷較簡(jiǎn)單；
②特異性強(qiáng)，與其他抗原交叉染色較少；
③操作步驟少，方法簡(jiǎn)便、省時(shí)。
其缺點(diǎn)有；
①敏感性較差；
②一種標(biāo)記抗體只能鑒定一種抗原；
③不能用于鑒定未知抗體。

2. 間接法
間接法是目前蕞常用的方法。首先用已知未標(biāo)記的抗體（第1抗體）與待檢抗原反應(yīng)或用未知抗體與已知抗原反應(yīng)，反應(yīng)一定時(shí)間后，洗去未結(jié)合的抗體，再與標(biāo)記的抗免疫球蛋白抗體（二抗）反應(yīng)。在第1步反應(yīng)中，若抗原抗體發(fā)生了反應(yīng)，則抗體被固定在標(biāo)本上，那么第二步反應(yīng)中標(biāo)記的抗體（二抗）必然與第1步反應(yīng)形成的抗原抗體復(fù)合物中的抗體發(fā)生反應(yīng)，這樣就可以通過二抗的示蹤，對(duì)標(biāo)本中未知抗原或抗體進(jìn)行鑒定。
其優(yōu)點(diǎn)為；
①敏感性較高，是直接法的5-10倍；
②用一種標(biāo)記的抗體，就能與一種以上的相應(yīng)的抗體或抗原配合鑒定多種未知的抗原或抗體；
③既能鑒定未知抗原，又能鑒定未知抗體。
其缺點(diǎn)有
①在反應(yīng)中有多種因子參與，容易產(chǎn)生非特異性染色，結(jié)果判斷有時(shí)較困難；
②操作步驟多，費(fèi)時(shí)。

3. 雙標(biāo)記法
雙標(biāo)記法是用兩種熒光素（常用FITC和PE）分別標(biāo)記特異性不同的抗體，用于檢測(cè)同一標(biāo)本中的不同抗原。此法常用于細(xì)胞表面抗原和受體的研究。